Misi MAN Insan Cendekia Tanah Laut adalah

1. Menyiapkan calon pemimpin masa depan yang menguasai ilmu  pengetahuan dan teknologi, mempunyai daya juang tinggi, kreatif, inovatif, proaktif, dan mempunyai landasan iman dan takwa yang kuat.
2. Menumbuhkembangkan minat, bakat, dan potensi peserta didik untuk meraih prestasi pada tingkat nasional sampai internasional.
3. Meningkatkan kemampuan peserta didik dalam berkomunikasi dengan bahasa internasional.
4. Meningkatkan pengetahuan dan kemampuan profesional pendidik dan tenaga kependidikan sesuai dengan perkembangan dunia kependidikan.
5. Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai lembaga pendidikan yang mempunyai tata kelola yang baik dan mandiri, dan berwawasan lingkungan.
6. Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai model dalam pengembangan pembelajaran IPTEK dan IMTAK bagi lembaga pendidikan lainnya.
7. Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai madrasah yang aman, nyaman, dan peduli terhadap lingkungan.
8. Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai madrasah yang toleran dan moderat.

Tujuan MAN Insan Cendekia Tanah Laut

1. Membentuk lulusan berkarakter islami, berbudaya Indonesia, berwawasan lingkungan, serta mampu melakukan perubahan yang didasari oleh prinsip-prinsip Islam rahmatan lil'alamin;
2. Menghasilkan lulusan yang menguasai dasar-dasar ilmu pengetahuan keislaman, sains, teknologi, ilmu sosial dan seni budaya untuk meraih prestasi baik tingkat nasional maupun tingkat internasional.
3. Membentuk lulusan yang memiliki kemampuan berpikir kritis, kecakapan berkomunikasi, bekerja sama, kreativitas yang tinggi, dan jiwa kewirausahaan untuk menghadapi persaingan global.
4. Meningkatkan kompetensi dan profesionalitas guru dan tenaga kependidikan melalui pengembangan keprofesian berkelanjutan.
5. Meningkatkan mutu dalam menjaga keseimbangan kualitas iptek dan imtak melalui penguatan program akademik dan keasramaan yang berkelanjutan.
6. Membangun sistem manajemen yang profesional dan menjadikannya sebagai pusat pengembangan madrasah unggul.
7. Membangun budaya hidup bersih, sehat, dan mencintai lingkungan.
8. Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai madrasah yang berkomitmen saling menghargai, berpikiran terbuka, dan taat konstitusi.

Target MAN Insan Cendekia Tanah Laut

1. Diperolehnya prestasi akademik dan non akademik yang optimal oleh peserta didik MAN Insan Cendekia.
2. Diterimanya lulusan MAN Insan Cendekia di perguruan tinggi berkualitas baik di dalam maupun di luar negeri lebih dari 90% tiap tahun.
3. Diperolehnya prestasi akademik yang baik bagi alumni MAN Insan Cendekia selama studi di perguruan tinggi.
4. Terciptanya kehidupan religius di lingkungan madrasah dengan bercirikan perilaku rajin beribadah, rajin belajar, ikhlas, mandiri, sederhana, ukhuwah dan kebebasan berkreasi.